1967-68 yılında 76 öğrenciyle eğitim-öğretim faaliyetlerine başlayan okulumuz, 1995-96 yılında aynı bahçe içinde bulunan Piyalepaşa Ortaokulu ile birleşip Kadınlar Çeşmesi İlköğretim Okulu adını alarak, A blokta ortaokul, B blokta ise ilkokul kademeleri olacak şekilde faaliyetlerine devam etmiştir. 2003 yılında B blok, deprem araştırması sonucu boşaltılmış ve A blokta ikili öğretime geçilmiştir. 2007 yılında bu bina da yıkılarak yerine İstanbul Ticaret Odası tarafından 30 derslikli bina yapılmış (şimdiki sarı bina) ve 2009'da kullanılmaya başlamıştır. 2014-15 eğitim-öğretim yılında iki ayrı müdürlük olarak ayrılmış olup arka binada İTO Kadınlar Çeşmesi İlkokulu, ön binada ise İTO Kadınlar Çeşmesi Ortaokulu olarak normal eğitim şeklinde eğitim-öğretime devam edilmiştir. 2015 Haziranında isim karışıklığını önlemek amacıyla okulumuzun adı BEYOĞLU ORTAOKULU olarak değiştirilmiştir.

2016-17 eğitim-öğretim yılında depreme dayanıklılık raporunun olumsuz çıkması nedeniyle okulumuz tahliye edilerek İTO Kadınlar Çeşmesi İlkokulu'nda sabahçı olarak eğitim-öğretime devam etmiştir. Bu okulun bahçesinin ayrılarak bir bölümüne Beyoğlu Ortaokulu için yapılacak olan binanın temeli atılıp binanın tamamlanmasıyla birlikte 2023-24 yılının açılışı yeni binada yapılarak eğitim-öğretim faaliyetlerine başlamıştır.